在我国刑事诉讼过程中，鉴定意见是一种难审查的证据，但对查清事实、适用法律、定罪量刑等具有重要的作用。对于合法、科学、客观的鉴定意见，依法予以采信；对于有瑕疵的鉴定意见，给予补正后可以采信；对于非法的鉴定意见，依法予以排除。
一、鉴定意见的采信
司法机关在办理案件过程中，鉴定意见要作为定案的依据予以认定，应该具备以下几点：第一，鉴定机构要合法。鉴定机构应该具有法定的鉴定资质。鉴定机构从事检验鉴定活动，必须具有鉴定的资质。第二，鉴定人要有鉴定资格。鉴定人进行检验鉴定，必须具有鉴定资格。没有鉴定资格的鉴定人出具的鉴定意见，是非法的鉴定意见。非法的鉴定意见，根据刑事诉讼法等法律的规定，不能作为证据使用。第三，检材要符合检验鉴定的要求、客观真实。一份鉴定意见，送检的检材必须是客观的、真实的检材。如果送检的检材不是与案件有关联的，那么，出具的鉴定意见就不具有法律效力。第四，检验鉴定采用的方法要符合国家标准或行业标准。鉴定意见，要求鉴定的方法必须符合国家标准或者行业标准。如果鉴定意见采用的方法不符合国家标准或者行业标准，那么，鉴定机构出具的鉴定意见是不能够作为证据使用的。第五，鉴定意见必须符合相关的形式、实质要件。鉴定意见必须客观、科学、符合逻辑、符合形式要件等。如果不符合逻辑、不科学、不客观，那么，这样的鉴定意见不能采用。
二、鉴定意见的排除
在司法机关办理案件过程中，鉴定意见具有以下几种情况，要作为非法证据被排除：
鉴定机构没有鉴定资质，它出具的鉴定意见作为非法证据要被排除。申请从事司法鉴定的个人、法人或者其他组织，必须经省级人民政府司法行政部门审核，只有通过审核的个人、法人或者其他组织，才能够从事司法鉴定。法人或者其他组织从事司法鉴定，应当具备以下几个条件，一是明确的业务范围；二是进行鉴定必需的设备、仪器；三是必须依法通过实验室认可或者通过计量认证的检测实验室；四是每项司法鉴定业务有三名以上的鉴定人。鉴定机构进行鉴定必须具备相应的条件，不具备就不能从事检验鉴定，出具的鉴定意见也要被排除。
鉴定人没有鉴定资格，出具的鉴定意见作为非法证据要被排除。鉴定人具备下列条件之一的，可以从事司法鉴定业务，一是具有与所申请从事的司法鉴定相关的高级专业技术职称；二是具有与所从事的司法鉴定业务相关的专业执业资格或者高等院校相关专业本科以上学历，从事相关工作五年以上；三是具有从事所申请的司法鉴定业务相关工作十年以上，具有较强的专业技能。因故意犯罪或者职务过失犯罪受过刑事处分的，受过开除公职以及被撤销鉴定人登记的人员，不得从事司法鉴定业务。如果鉴定人从事司法鉴定必须具有鉴定资格，否则，鉴定意见则会被排除。
检材被污染或者腐败被排除。最常见的是，在血液乙醇含量鉴定过程中，公安机关在采集血液时，用了酒精消毒后采集血液或者血液腐败变质，那么，鉴定结果肯定受影响。依据被污染或腐败的检材出具的鉴定意见，司法机关不应该采信该鉴定意见。
鉴定意见与其他证据相互矛盾被排除。在审查证据时，要综合、全面审查，如果矛盾不能得到合理解释，鉴定意见可能要被排除。根据证明标准、证据体系的要求，证据之间应该没有矛盾，或者如果有矛盾，矛盾应该得到合理的解释。
三、鉴定意见的补正
鉴定意见有瑕疵，但不影响鉴定意见的采信，可以对鉴定意见进行补正。例如，鉴定意见有不是关键的错别字等瑕疵的。有错别字，并不影响鉴定意见的正确性，只要作出补正就可以作为证据使用。
遗漏鉴定的事项，需要补充。一份案件的委托，有明确的鉴定事项，如果鉴定机构在鉴定过程中遗漏了委托事项，比如，一个交通肇事案，有三个委托事项，但是鉴定机构却只对两个委托事项进行了鉴定，那么，该鉴定意见就只能部分使用。对于遗漏鉴定事项的鉴定意见，司法机关要让有关鉴定机构把遗漏的鉴定事项进行检验鉴定，出具补充鉴定意见就行了。
四、鉴定意见被排除后的救济路径
重新鉴定。重新鉴定的启动，一是司法机关依职权启动鉴定；二是当事人依申请重新鉴定；三是在审判阶段，综合全案判无罪。
重新鉴定是委托机关另行委托鉴定机构对原鉴定材料（被鉴定人）等进行重新检查、检验。重新鉴定可以委托原鉴定人进行，也可以另行委托鉴定进行。重新鉴定，司法机关可依职权进行重新鉴定。比如，在审查起诉时，检察机关发现卷宗中有多份鉴定意见书，并且多份鉴定意见还互相矛盾，这时，司法机关可以依职权启动重新鉴定。对于有疑问的鉴定意见，当事人也可以申请司法机关启动再审程序。
补充鉴定。补充鉴定就是对发现的新问题和新材料进行检查、检验，从而得出科学的鉴定意见。比如，对于阶段性伤情，因为还没有到治疗终结时间，可以出具阶段性鉴定意见，到了终结时间，需要出具一份补充鉴定意见。
在审判阶段，审判机关可以综合全案证据判无罪。在审判阶段，对于无罪的鉴定意见，如果鉴定意见被排除后，案件的证据链无法形成，达不到有罪的证明标准，那么，此类案件将会被判无罪。
